Quy định trên vừa được Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành tại Quyết định 60/2006/QĐ-BKH ngày 23/01/2006. Theo Quyết định này, Ban Quản lý Khu Kinh tế Nhơn Hội (NEZA) được giao nhiệm vụ làm đầu mối hướng dẫn các nhà đầu tư vào Khu Kinh tế Nhơn Hội và được uỷ quyền tiếp nhận, xem xét, cấp, điều chỉnh và thu hồi Giấy phép đầu tư đồng thời thực hiện chức năng quản lý nhà nước về hoạt động của các dự án đầu tư tại Khu Kinh tế Nhơn Hội. NEZA được uỷ quyền cấp phép các dự án thuộc thẩm quyền của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và có quy mô vốn lên đến 40 triệu USD. Việc cấp phép cho những dự án này được thực hiện theo quy trình đăng ký cấp phép đầu tư, đơn giản và nhanh hơn so với quy trình thẩm định cấp phép đầu tư, giải quyết trong vòng 15 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ dự án.

Trước đó 03 ngày, vào 20/01/2006, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 07/2006/TT-BTC hướng dẫn về chế độ tài chính và thủ tục hải quan tại Khu Kinh tế Nhơn Hội.