Vòng loại giải bóng đá U12 Báo Thanh Niên 2013 được chia làm 4 bảng cụ thể như sau:
Bảng A (Vietfootball đăng cai) gồm 6 đội: Nam Định, Huế, Quảng Ninh, Viettel, Hà Nội T&T, Trẻ bóng đá Hà Nội.
Bảng B (Đà Nẵng đăng cai) gồm 6 đội: HAGL, SHB Đà Nẵng, Bình Định, Sanna Khánh Hòa, V&V United, Đắk Lắk.
Bảng C (TP.HCM đăng cai) gồm 7 đội: TP.HCM, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Phước, Đồng Nai, Lâm Đồng, Xi măng Xuân Thành Sài Gòn.
Bảng D (Kiên Giang đăng cai) gồm 7 đội: Kiên Long Bank Kiên Giang, Đồng Tâm Long An, Cao su Đồng Tháp, Hùng Vương An Giang, Tiền Giang, Vĩnh Long và Cần Thơ.
Các bảng sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng, chọn 4 đội nhất 4 bảng và 2 đội nhì có thành tích tốt nhất vào VCK cùng ĐKVĐ Sông Lam Nghệ An và chủ nhà Hải Phòng.
Điều lệ giải U.21 QG năm nay sẽ không cho phép các đội được tăng cường, bổ sung, thay thế cầu thủ đã từng thi đấu vòng loại cho các đội khác, nhằm tránh tình trạng cầu thủ “chạy sô”, gây ảnh hưởng đến kết quả thi đấu của từng CLB, tạo nên thành tích ảo không phản ánh đúng quá trình đào tạo, đầu tư của từng địa phương, CLB